Hoewel de Hondenfietsaanhanger veel goeds te bieden heeft, zijn er ook duidelijke beperkingen die je vooraf moet overwegen. Een van de grootste aandachtspunten is het ontbreken van vering. Op asfalt en goed onderhouden paden is dat geen probleem, maar op ruwere offroad-achtige paden of kasseien merk je duidelijk meer trillingen en schokken. Dit kan oncomfortabel zijn voor gevoelige honden of oudere dieren met artrose en voor langere ritten minder geschikt zijn.
Daarnaast is de maximale draagcapaciteit van 45 kg een beperkende factor: grotere rassen (zoals Duitse Doggen, Mastiffs of vele retrievers in duo) passen niet, en twee honden die samen rond of boven die grens komen kunnen de stabiliteit en het stuurgedrag van de fiets nadelig beïnvloeden. Hoewel de vloer waterafstotend is, biedt de aanhanger geen geïntegreerde regen- of windkap in de basisuitvoering; bij slecht weer of harde wind moet je aanvullende bescherming organiseren. Ook ontbreken vaak geavanceerde veiligheidsvoorzieningen zoals een geïntegreerde handrem of extra verankeringspunten die je zou verwachten op duurdere modellen.
Tot slot, hoewel montage in 10 minuten mogelijk is, vergt dat wel enige basiskennis en gereedschap; sommige gebruikers kunnen extra hulp of tijd nodig hebben om alles perfect af te stellen. Reflectoren en optionele verlichting zijn niet altijd standaard meegeleverd, dus voor avond- of vroege ochtendritten moet je mogelijk extra accessoires aanschaffen om volledig veilig te zijn.